HASTA LA EDAD MEDIA
Los primeros asentamientos conocidos en el área de Iruña de Oca datan de la Edad del Bronce (primer milenio a.C). En la zona del yacimiento de Iruña de Oca se han encontrado restos de viviendas de planta circular y rectangular que más tarde fueron sustituidas por edificios romanos, los cuales ocuparon el lugar llamado Veleia.
Esta ocupación tuvo lugar alrededor del siglo I a.C. y las viviendas construidas tenían una estructura similar: patio rodeado por la vivienda y dotada de cisterna de hormigón romano. Durante su momento de mayor esplendor, la ciudad contaba con 10.000 habitantes, siendo la tercera ciudad más grande del sur de los Pirineos, tan solo superada por Cesar Augusta (Zaragoza) y Tarraco (Tarragona). Los tiempos de bonanza finalizaron con la llegada de los Bárbaros a la Península Ibérica en el siglo V d.C.
Se cree que los núcleos de Víllodas y Trespuentes fueron barrios exteriores de Veleia. Ambas localidades cuentan actualmente con un puente de origen romano que posiblemente era utilizado para comunicar los poblados con la ciudad de Veleia.
En Nanclares hay constancia de la existencia de algún poblado previo a la llegada de los romanos, como la aparición de una estela de origen posiblemente celtíbero en la que se puede apreciar la inscripción Langrares, que daba nombre al lugar, y que fue evolucionando hasta el actual Nanclares. En las inmediaciones del actual núcleo urbano se han encontrado también restos de cabañas o viviendas romanas en cuyos alrededores había fondas que servían de descanso a los caballos.
EDAD MEDIA
Ya en la Edad Media, parece ser que los Templarios se asentaron en estas tierras, y es en este momento cuando parece surgir el sufijo ‘de la Oca’ que actualmente acompaña al nombre de Nanclares. Las tierras en que los templarios se establecieron en el norte de la península Ibérica eran conocidas como Tierra de la Oca.
Es en esta época cuando aparecen por primera vez reflejados en la Reja de San Millán los núcleos actuales de Ollávarre y Montevite; el primero en el siglo XI y el segundo, como Montovit, en 1025. Nanclares de la Oca y Ollávarre son citadas como villas por primera vez en un documento el 21 de diciembre de 1523.
En los alrededores de Trespuentes, en la Sierra de Badaia, se construyó durante el siglo XIII una casa-torre perteneciente a la familia más poderosa de Iruña de Oca, los Martínez de Iruña, que la donaron a los Jerónimos para que erigieran un convento, y en 1413, el Papa Benedicto XIII aprueba la construcción.
Durante más de medio siglo fue habitado por los Jerónimos hasta que en 1471 se decide el cierre y abandono debido a la escasez de recursos para sobrevivir en el lugar. Sin embargo el convento no es completamente abandonado sino que se realiza la petición de cesión a los monjes Agustinos, solicitud que es aprobada por el papa Sixto IV. Los nuevos inquilinos no abandonarán el convento hasta el año 1835.
Tanto Nanclares como Ollávarre y Montevite pertenecieron al Señorío del Conde de Orgaz desde aproximadamente principios del siglo XV. Su labor era la de recaudar tributos entre los vecinos y confirmar la designación del Procurador General del Estado Noble y la del Alcalde Ordinario en el Estado Llano.
Existía en un solar de Nanclares, una casa infanzona de los Hurtado de Mendoza o Condes de Orgaz, en la que Fernán Hurtado de Mendoza fundó una ermita-oratorio servida por Hermanas de la Orden Tercera de San Francisco que desapareció en el siglo XIX.
SIGLOS XVII A XIX
Durante la Guerra de Independencia Española hubo gran presencia de militares ingleses en Iruña de Oca, sobre todo en la Batalla de Vitoria. Los militares pertenecían a la 4ª y Ligera división, que estaban a las órdenes de Wellington, además de las brigadas de caballería británica de Robert Hill, Grant, Ponsonby y la portuguesa de D’urban. Su misión era esperar en los alrededores de Nanclares hasta que las tropas de Hill tomaran los Altos de la Puebla, lo que les permitiría cruzar el Zadorra sin dificultad y atacar frontalmente el centro de la posición imperial. Los puentes de Víllodas y Trespuentes también tuvieron un protagonismo ya que fueron tomados por los ingleses estratégicamente para evitar el avance de los franceses por el Zadorra.
Las Guerras Carlistas también tuvieron parte de su desarrollo en estas tierras. Una muestra de ello son las tres torres que aún hoy se conservan rodeando Nanclares.
HASTA HOY EN DÍA
Durante la Guerra Civil Española el bando nacional construyó a orillas del río Zadorra, entre Víllodas y Nanclares, un campo de concentración que fue utilizado a lo largo de la posguerra y en el que se encarcelaron a los opositores del nuevo régimen franquista. Funcionó entre los años 1940 y 1947 como campo, y desde entonces como prisión. En 1981 el edificio se reformó y funcionó plenamente hasta 2011, cuando se inauguró un nuevo centro penitenciario en las faldas del monte San Miguel, en los Montes de Vitoria, aún dentro del término local de Nanclares de la Oca. Entre los años 1936 y 1975, los vecinos del municipio sufrieron la represión franquista, que costó la vida a siete personas. Un estudio refleja lo acontecido durante este periodo en esta zona.
A lo largo del siglo XX, dado un aumento de la industrialización y los movimientos migratorios en España, el actual municipio aumentó significativamente su población, pasando de los 950 habitantes en 1900, a los más de 3.100 de la actualidad. Iruña de Oca cuenta hoy con dos polígonos industriales: San José los Llanos y Subillabide, y varias canteras que han ido cerrando pero que a lo largo del siglo XX fueron una de las fuentes de trabajo más importantes del municipio.
Para la elección de los procuradores de las Juntas Generales de Álava de 1979, se usó un sistema de circunscripciones basadas en 18 hermandades. Iruña de Oca fue una de esas hermandades y tenía derecho a elegir 1 representante a través de sus concejales en el ayuntamiento (fue elegido un representante de los independientes). En 1983 ese sistema se cambió para dividir el territorio alavés en 7 circunscripciones basadas en las cuadrillas y para elegir a los procuradores en elecciones. Hoy en día Iruña de Oca está incluido en la circunscripción de Tierras Esparsas, después de que en 1987 volviese a cambiar el sistema de elección y pasase a dividirse en 3 circunscripciones (Cuadrilla de Vitoria, Cuadrilla de Ayala y el resto de cuadrillas).